Members

Interdisciplinary and international teams currently compose the ImmunoComplexiT  network

Integrative Immunology

CNRS FRE3632, UPMC INSERM UMRS959 Immunology, Immunopathology, Immunotherapy- Paris, France

• Thomas-Vaslin Véronique, Integrative immunology, High-Throughput data analysis, T-cell population dynamics and repertoire modeling- Perturbations & Aging
• Six Adrien, Integrative immunology – Lymphocyte repertoire diversity & perturbations- high-throughput & multiscale analysis- biological signatures
• Klatzmann David  Immunologist, systems immunology approaches for immunopathologies  and immunotherapies.
• Hang-Phuong Pham,   Statistical modelling of multiparameter and multiscale immunological data, cell population and repertoire diversity, perturbations, variability.
• Chaara Wahiba Repertoire diversity analysis
• Dérian Nicolas Transcriptome analysis- Unsupervised analysis, signatures
• Abi-Haidar Alaa,  Modeling T cell population and dynamics complexity- Multiagent modeling-Data mining, artificial immune systems-Visualization of data
• Maria Grazia Ruocco, imaging, tolerance, immune cells
• Encarnita Mariotti-Ferrandiz: systems immunology; standardisation ; autoimmunity ; high-throughput sequencing ; immune diversity ; statistical modeling
• Ioanis Drakos, Biomedical data management: data base; LIMS; data integration; data safety; data security
• Pierre-André Cazenave, Immunologist, Integrative Immunology, Immunoparasitology
• Nehar Belaid Djamel, systems immunology, cancer, Tregs, maternofetal tolerance, tolerance
• Michel Morvan, Doctorant- Modélisation multi-agent du système immunitaire -Modèles informatiques multi-agent, UML, Classes-Relations,  Logique de Thomas, Multi-échelle, systèmes complexes

Microsoft Research, Cambridge

• McEwan Chris, Computer science, modeling T cell dynamics with visual languages and statecharts, artificial immune systems

ACASA- LIP6 UPMC

• Jean-Gabriel Ganasci, artificial intelligence, computer science, data mining
  
• Abi-Haidar Alaa, computer science data & text mining
  

Université Libre de Bruxelles,  IRIDIA/CODE

• Bersini Hugues, Université Libre de Bruxelles,  IRIDIA/CODE- Engineering, computer science & modelling, oriented object computing, artificial immune systems, Immune networks and learning

INSERM U897 Epidemiology & Biostatistics, ISPED Institut de Santé Publique d’Epidémiologie et de Développement, Unité de Soutien Méthodologique à la Recherche Clinique, CHU Bordeaux, Université Victor Segalen Bordeaux 2, France.

• Rodolphe Thiebaut Lymphocyte dynamics and modelling

Laboratory on Thymus Research, Oswaldo Cruz Institute, Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro, Brazil.

• Savino, Wilson,  Immunologist, thymus exploration from 3-D architecture to genome, modeling thymocytes differentiation in physiological and pathological conditions.

South African National Bioinformatics Institute, University of Western Cap, Captown, SouthAfrica.

• Gamieldien Junaid, Knowledges management, graphical formalism, large-scale semantic integration of biomedical information.

Institut Camille Jordan UMR CNRS 5508, Université Lyon 1, Equipe Inria Dracula, Centre Inria Grenoble Rhône Alpes

• Fabien Crauste, Mathematical modeling in medicine and biology

CGPMC CNRS  Lyon Bases Moléculaires de l’Auto-Renouvellement et ses Altérations

• Olivier Gandrillon

Neurobiologie et developpement CNRS GIF

• BOURGINE Paul, Systèmes complexes – grands réseaux interactifs – systèmes dynamiques – théorie de la viabilité- reconstruction des dynamiques multi-échelles comme modèle intégré

UR 341 Mathématiques et Informatique apppliquées INRA

• Natacha Go, Modélisation de la réponse immunitaire (centrée sur l’interaction macrophage-pathogène). Modèles mathématiques déterministes dynamiques à compartiments.  Analyse de sensibilité. Analyse des états d’équilibre.

UFR Philosophie, Université Paris 4 Paris-Sorbonne

• Thomas PRADEU, Philosophie des sciences et immunologie théorique

CoMPLEX, Physics building, University College London

• Noiret Lorette, interorgan model, statistics, mathematical modeling, biomathematics, ammoniac metabolism, liver cirrhosis, hepatic encephalopathy,  kidney.

Center for Complex Networks and Systems Research, School of Informatics and Computing. Indiana University. USA

• Luis M. ROCHA, Complex Adaptive Systems and Computational Intelligence (CASCI)

The CoSMo company, Lyon-France http://www.thecosmocompany.com/

•  La Rota Camilo Modélisation de systèmes complexes biologiques; simulation, systèmes complexes, biologie, dynamique multi-échelle

Groupe International d’Etudes Transdisciplinaires (GIET) giet-info.org

• Jacquemart Frédéric, Evaluation globale de la perturbation des systèmes complexes; complexité, écologie.

INRA  Molecular Immunology and Virology (VIM)

• Pierre Boudinot, répertoires B et T,  réponses antivirales  et analyses de transcriptomes, chez les poissons, dans une perspective d’immunologie comparée
• Susana MAGADAN, B and T cell repertoire analysis. Evolution of the immunoglobulin loci and the mechanisms of immunoglobulin diversity generation in vertebrates.

Laboratoire de Physique Théorique- Ecole Normale Supérieure,  UMR 8549 CNRS, CGE

• Aleksandra Walczak, Biophysique théorique- Quantitative immunology, statistical methods, biophysical models

Laboratoire de Physique Statistique CNRS & CGE (Ecole normale supérieure) UMR8550 (LPS-ENS) http://www.lps.ens.fr/

• Thierry Mora.  Immunologie quantitative; méthodes statistiques; biophysique. Etude des répertoires de récepteurs de lymphocytes; biophysique

Faculté des Sciences de Tunis, Université de Tunis El Manar, campus Universitaire- Laboratoire de génétique, Immunologie et pathologies humaines

• Amel Benammar Elgaaïed; Modélisation du risque de maladies multifactorielles et modélisation du fonctionnement du système immunitaire-marqueurs génétiques,  épigénétiques, facteurs environnementaux, Intéractions protéiques, data Mining, Docking, biologie des systèmes et immunologie integrative, diversité du répertoire
• Walid Bedhiafi– Thèse PDIMSC-cotutelle avec Equipe Immunologie Integrative (Paris): Modélisation de la complexité multi-échelle des populations lymphocytaires-Immunologie intégrative; Différentiation des lymphocytes T & dynamique cellulaire; population cellulaire & et diversité des répertoires; Système multi-échelle.

Inria Sophia Antipolis http://team.inria.fr/abs

• Frédéric Cazals– Modeling protein complexes (atomic models and coarse-grain models); Modeling the flexibility of proteins; Computational geometry and topology. Antibody – antigen complexes, protein assemblies, Voronoi diagrams, van der Waals models, geometric algorithms, combinatorial algorithms.

Centre d’Infection et d’Immunité de Lille- CNRS 8204-Inserm 1019, Institut Pasteur de Lille www.ciil.fr

• Sylviane Pied– Immunoparasitologie; immunologie intégrative, malaria, pathologie, modèle mathématique

Drexel University School of Biomedical Engineering- simlab.biomed.drexel.edu

• Uri Hershberg-Multi Scale nature of biology and cognition and System Immunology

Institut Pasteur, Unité de Biologie des Populations Lymphocytaires

• François Huetz-Immunologie, Mémoire immunitaire Homme/souris, repertoire des cellules B-Long Lived Memory B cells

Université de Strasbourg  CNRS- Laboratoire Icube,  Equipe Bioinformatique théorique, Fouille de données et Optimisation stochastique

• Pierre Collet, Professeur Unistra, evolutionary  algorithms, optimisation- complex systems
• Pierre Parrend , Enseignant-Chercheur ECAM Strasbourg-Europe- Ecosystèmes immunitaires artificiels pour la sécurité et la supervision des systèmes d’information-sécurité; écosystèmes immunitaires artificiels; optimisation stochastique
• Guigou Fabio, Doctorant:  supervision; sécurité; écosystèmes immunitaires artificiels
• Navarro Lara Julio, Doctorant; computer security, artificial  immune systems-security, advanced persistent threats, SIEM
• Jeannin-Girardon Anne; Maitre de Conférence en Informatique; big data, data mining, deep learning, biological system modeling, immune system, tissue development; http://icube-cstb.unistra.fr/fr/index.php/Anne_Jeannin

UPMC  Laboratoire de Physique Nucléaire et de Hautes Energies

• Bertrand Laforge; Physique des particules élémentaires, Bioinformatique, Physique théorique, étude de propriétés émergentes dans les systèmes complexes-Modélisation et simulation, Simulation Multi-échelle, systèmes complexes, Stochasticité dans les processus biologiques

Institut Télécom; Télécom Bretagne, CGE, UMR 6285

• Dominique Pastor;Traitement statistique  du signal; Transformations parcimonieuses; traitement des signaux physiologiques (interactions cardio-respiratoires)-Statistiques mathématiques (décision, estimation); Transformées (Fourier; ondelettes); probabilités; processus aléatoires

UMR IDEES CNRS-6266 Normandie Université Le Havre / E Laboratory on Human Trace Complex System UNESCO/ https://www.univ-lehavre.fr/spip.php?article254

• Béatrice Galinon-Mélénec, Professeur, communication sciences, Human Trace Complex Sytems https://en.wikiversity.org/wiki/Portal:Complex_Systems_Digital_Campus/E-Laboratory_on_human_trace 

Université de Rouen

• Janine Guespin,  Professeur Émérite, retraitée: Dialectique; Comprendre la pensée du complexe qui émerge des pratiques scientifiques d’étude de systèmes complexes comme le système immunitaire Livre révolution du complexe

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